Стерео-Seq: Одновременное обнаружение РНК и белков

Метод Стерео-Seq, представленный в MGI, вводится как прорывной подход к одновременному обнаружению экспрессии генов (РНК) и экспрессии белков на одном срезе ткани. Вот как это работает:

1. Высокоплексные панели антител: Стерео-Seq использует высокоплексные панели антител, такие как 268 антител от B legend, для захвата экспрессии белков. Эти антитела разработаны с определенными особенностями, включая адаптеры для ПЦР-усиления и 15-нуклеотидные штрихкоды для идентификации антител.

2. Поли-А хвосты и ДНК-штрихкоды: Технология использует поли-А хвосты на антителах вместе с ДНК-штрихкодами на DNB-чипах для захвата как РНК, так и антитело-производные молекулы одновременно.

3. Конструирование библиотеки и секвенирование: После захвата процесс продолжается конструированием библиотеки и секвенированием, что приводит к генерации профилей как РНК, так и белков из одного и того же среза ткани.

4. Раскрытие клеточной сложности: Сила Стерео-Seq заключается в его способности раскрывать сложные детали клеточной сложности. Путем изучения пространственного распределения экспрессии генов и экспрессии белков исследователи могут дифференцировать подтипы клеток и получать более глубокие понимание биологических процессов.

Согласованность данных и точность

Способность Стерео-Seq обеспечивать согласованные и точные данные является критическим фактором для его полезности для исследователей. Вебинар представляет убедительные доказательства воспроизводимости и надежности данных:

1. Согласованность между срезами: Исследователи провели эксперименты с использованием трех последовательных срезов ткани, применяя Стерео-Seq к каждому из них. Полученные данные об экспрессии генов и белков проявили высокую согласованность и корреляцию, демонстрируя воспроизводимость метода.

2. Корреляция между РНК и белками: Для оценки точности исследователи сравнили образцы экспрессии белков, полученные через Стерео-Seq, с образцами иммуногистохимической флуоресценции. Наблюдаемая сильная корреляция указывает на точность метода в отражении истинной биологии тканей.

3. Плексивность и качество данных: Способность Стерео-Seq обрабатывать разные уровни плексивности (т.е. количество используемых антител) была протестирована. Результаты показали, что увеличение плексивности не отрицательно сказывается на обнаружении как РНК, так и белков, подчеркивая надежность метода.

Разблокирование понимания различных типов тканей

Вебинар подчеркивает универсальность Стерео-Seq, показывая его применение в различных типах тканей:

1. Ткани мыши: Исследователи собрали данные из тканей мыши, раскрывая пространственное распределение иммунных клеток, макрофагов, эритроцитов и других. Подклеточное разрешение предоставило ценные понимание взаимодействий и структур клеток.

2. Ткани человека: Применение Стерео-Seq распространилось на ткани человека, где были выделены различные подтипы клеток в одних и тех же срезах тканей. Пространственное распределение клеточных маркеров подчеркнуло потенциал технологии в понимании сложной биологии человека.

Стерео-Seq и интеграция данных ADT

Один из интригующих аспектов, обсуждаемый в вебинаре - это интеграция данных тегов, происходящих от антител (ADT). Исследователи сравнили данные ADT с данными РНК и получили интересные результаты:

• ADT предлагает уникальные инсайты: Данные ADT, представляющие экспрессию белков, показали значительные различия по сравнению с данными транскриптомики. В некоторых случаях белки, которые едва обнаруживались в данных транскриптомики, четко наблюдались в данных об экспрессии белков.

• Вклад белков в подтипизацию: Интеграция данных ADT существенно способствовала идентификации клеточных подтипов как в экспрессии генов, так и в пространственном контексте. Это подчеркивает важность включения информации о белках в анализ для получения более полного понимания клеточной биологии.

Будущие направления: Освоение мультиомной интеграции

По мере того, как исследователи продолжают изучать потенциал Стерео-Seq и мультиомной интеграции, открываются захватывающие перспективы для будущих исследований. Вот некоторые ключевые моменты интереса:

• Деградация белков: Понимание механизмов деградации белков и их роли в заболеваниях, таких как болезнь Альцгеймера, может открыть новые возможности для терапевтических вмешательств. Способность Стерео-Seq захватывать экспрессию белков может сыграть ключевую роль в таких исследованиях.

• Разногласия в данных о белках и РНК: Требуется дальнейшее исследование, чтобы разъяснить причины наблюдаемых разногласий между данными о белках и РНК. Исследование причин, по которым определенные гены показывают различные паттерны экспрессии, может принести ценные инсайты.

• Подтипизация клеток: Использование интегрированных мультиомных данных для идентификации и классификации клеточных подтипов с точностью обладает большим потенциалом. Это может привести к прорывам в персонализированной медицине и целенаправленной терапии.

• Поиск биомаркеров болезней: Комбинация данных РНК и белков предлагает мощную платформу для обнаружения биомаркеров болезней. Определение конкретных молекул, связанных с заболеваниями, может помочь в ранней диагностике и стратегиях лечения.

Заключение: Секвенаторы MGI трансформируют геномное исследование

В заключение, вебинар по теме "Профилирование иммунного репертуара с помощью DNBSEQ" демонстрирует удивительные возможности секвенаторов MGI, особенно DNBSEQ-G99, T7 и G400, в продвижении геномного исследования. Интеграция мультиомных данных через Стерео-Seq открывает новые возможности для понимания сложных биологических систем, механизмов болезней и клеточных взаимодействий.

Секвенаторы MGI стали незаменимыми инструментами для исследователей в их стремлении раскрыть тайны генома. Будь то изучение иммунных репертуаров, исследование болезней или персонализированная медицина, точность и универсальность секвенаторов MGI побуждают открытия, которые имеют потенциал изменить будущее здравоохранения.

Обладая способностью одновременно захватывать данные как РНК, так и белков, исследователи могут погружаться глубже в молекулярные тонкости клеток и тканей. Этот комплексный подход обещает ускорить прогресс в таких различных областях, как иммунология, онкология, нейронаука и далее.

По мере развития области геномики секвенаторы MGI стоят на переднем крае, позволяя исследователям выходить за пределы знаний и толкать инновации. Будущее геномного исследования светло, а секвенаторы MGI освещают путь.

Отказ от ответственности: Предоставленная информация в этом блоге предназначена исключительно для образовательных и информационных целей и не предназначена для использования в диагностических процедурах. Упомянутые продукты MGI предназначены исключительно для научных исследований.